| MirGeneDB ID | Dno-Mir-506-P1l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-509a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-506-P1i Dno-Mir-506-P1j Dno-Mir-506-P1k Dno-Mir-506-P2b Dno-Mir-506-P3 Dno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. novemcinctus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH564535: 715717-715774 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1l) |
Mir-506-P1i
JH564535: 672065-672122 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1j JH564535: 675854-675911 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P1k JH564535: 690101-690158 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P3 JH564535: 697744-697800 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P1l JH564535: 715717-715774 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAUUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAUCUUCAGAUAUGCUGUGUGUGGUACCCUACUCCAGAGAGUGGCAAUCGUGUAUAAUUAAAUAUGAUUGACACCUCUGUGAGUGGAGUAAUGCAUGACAUGUACAACAUAUGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAUCUUCAGAUAUGCU- - GG C -| A G UAUA GU GUGU UAC CUACUC CAGAG GUG CAAUCGUG A CA UACG AUG GGUGAG GUCUC CAC GUUAGUAU U UAGUGUAUACAACAUGUA G UA A U^ - A AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-506-P1l_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCCAGAGAGUGGCAAUCGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-506-P1l_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAUUGACACCUCUGUGAGUGGA -58
Get sequence
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