| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2705 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2705 Pdu-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_122: 377048-377109 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2705) |
Mir-2705
CAPTEscaffold_122: 377048-377109 [+]
Ensembl
Mir-1987 CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl |
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| Seed | CUGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAUUGCAAAUAACAUGCGCUUUGAGGUUGGGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUGUUGCCUUCAUUUCAUCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCAACUUGAUAGUGCGAACCCUCCGAGAGUAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAAUUGCAAAUAACAU-- UUG - -| GU A UUGCC GCGCU AGGUUGGG AGCAC UUGCC UUGCA AUG U CGUGA UUCAACCU UCGUG AAUGG AACGU UAC U GUUAUGAGAGCCUCCCAAG UAG G A^ -- C UUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2705_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2705_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCAA -62
Get sequence
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