MirGeneDB ID | Efe-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2705 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-2705 Pdu-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.128324: 1452-1520 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGGGAAGAUGGCGGCACUCGUUCGUGGGGCAGCUUUUGCCUUAGCAAAUGUUGGUUCAACGUUUUCAUAUUCAUCUGCAAGGCAAAGUGCUGUCGCAACGAGAGAAUGCCCUACAAUGUGCAACGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGGGAAGAUGGCGGCA-----| UCG G - A A UUGGUUCAAC CUCGU UG GGCAGC UUUUGCCUU GCA AUG \ GAGCA AC CUGUCG GAAACGGAA CGU UAC G GGCAACGUGUAACAUCCCGUAAGA^ --- G U - C UUAUACUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Efe-Mir-2705_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCAGCUUUUGCCUUAGCAAAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Efe-Mir-2705_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- UCUGCAAGGCAAAGUGCUGUCGC -69
Get sequence
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