MirGeneDB ID | Cpo-Mir-582-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-582-v2 Cfa-Mir-582-v2 Dno-Mir-582-v2 Hsa-Mir-582-v2 Mml-Mir-582-v2 Mmu-Mir-582-v2 Ocu-Mir-582 Rno-Mir-582-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
scaffold_29: 2467345-2467404 [+]
UCSC
Mir-582-v2 scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUCAACACAGCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUUUAACUAAUUGUAACCGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCAACACAGCAAUC--| UUA A UAAUUU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAACC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUGG CAAUG A GUCACUUUACAAAAGUGAA^ CAA C UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-582-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-582-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAACCGGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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