MirGeneDB ID | Cpo-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-374 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-374-P1 Cfa-Mir-374-P1 Dno-Mir-374-P1 Hsa-Mir-374-P1 Mml-Mir-374-P1 Ocu-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_26: 22992971-22993022 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-374-P1) |
Mir-374-P1
scaffold_26: 22992971-22993022 [+]
UCSC
Mir-95-P3 scaffold_26: 22993124-22993186 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCUUUGGAAAGAUAUUUUACAUAGGCCUUUAUAAUACAACCUGAUAAGUGUUAUAACACUUACCAGAUUGUAUUGUAAUUGUCUGUGUAUAUAUCUGUCUAUCUUCCUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCCUUUGGAAAGAUAUUU--| CU C A UU UACAUAGGC UUAUAAUACAA CUG UAAGUG A AUGUGUCUG AAUGUUAUGUU GAC AUUCAC U UAUCCUUCUAUCUGUCUAUAU^ UU A C AA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-374-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-374-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- CUUACCAGAUUGUAUUGUAAUU -52
Get sequence
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