| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 3483108-3483167 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
scaffold_111: 3483108-3483167 [+]
UCSC
Mir-203-v2 scaffold_111: 3483108-3483167 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGGUGCCGCAGACUUGCCCGCCGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGGGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGCGCUCGGCGACGGCGGGGGCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGGUGCCGCAGACUU--| C C U G A GUUCUGU GC CGCCGGGUC AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CG GCGGCCCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU A AGCGGGGGCGGCAGCGGCU^ C A U A - UAACGGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGGUGCCGCAGACUUGCCCGCCGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGGGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGCGCUCGGCGACGGCGGGGGCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGGUGCCGCAGACUU--| C C U G A UUCUGU GC CGCCGGGUC AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CG GCGGCCCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A AGCGGGGGCGGCAGCGGCU^ C A U A - AACGGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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