| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-727-v1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584458: 2755676-2755739 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-v1) |
Mir-727-v1
JH584458: 2755676-2755739 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-v2 JH584458: 2755678-2755737 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cpi-Mir-727-v1 |
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| Seed | GAGGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAAAUUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCAUUAAAUGGAAACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAAUCAAGGUAAUGUUUCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGAAAUUUGAUUGCC--| U C CU - CCAUUAAA CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC U GACGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G UCCUUUGUAAUGGAACUAA^ C A C- A AGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-727-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-727-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGAGGCGAGUUGAAGACUAAAA -64
Get sequence
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| Variant | Cpi-Mir-727-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAUUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCAUUAAAUGGAAACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAAUCAAGGUAAUGUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAUUUGAUUGCCCU--| U C CU - C AUUAAA GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC C U CGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G G CUUUGUAAUGGAACUAAGA^ C A C- A A UCAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-727-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-727-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -60
Get sequence
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