| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-727-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-727-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-727-v2 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584458: 2755678-2755737 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-v2) |
Mir-727-v1
JH584458: 2755676-2755739 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-v2 JH584458: 2755678-2755737 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAAUUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCAUUAAAUGGAAACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAAUCAAGGUAAUGUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAUUUGAUUGCCCU--| U C CU - C AUUAAA GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC C U CGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G G CUUUGUAAUGGAACUAAGA^ C A C- A A UCAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-727-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-727-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -60
Get sequence
|
