MirGeneDB ID | Cli-Mir-1781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1781 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-1781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gga-Mir-1781 Tgu-Mir-1781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold146: 3197333-3197391 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUAAAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAGGAAAGGCAAGACAAGGAGCUUGUUUAACAGCUGAGUGAUUUAAAGCAAUCAAAUUCCUUUAGCUUUAAAUCAUCCAGCUGUUGAACAGGCUCUUGCUUCAUUUCUCCCAAGUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGUAGGAAAGGCAAGACA--| AG AAUCAAA AGGAGCUUGUUUAACAGCUG UGAUUUAAAGC \ UUCUCGGACAAGUUGUCGAC ACUAAAUUUCG U CCUGAACCCUCUUUACUUCG^ CU AUUUCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-1781_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAGCUGAGUGAUUUAAAGC -21
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-1781_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUUAAAUCAUCCAGCUGUUGA -59
Get sequence
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