MirGeneDB ID | Cli-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1641 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-1641 Gga-Mir-1641 Tgu-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold490: 1454677-1454735 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAUAACAGCCUCGAUGCAGGGCAUUUCCUGAGGAUUAAUGACUGUCUGGGGUCAUCAUCUCCUCCCAGUUAGUUAUUAAUCCCCAGGAAAUACUCUGUGCCUUGAUCAUUAUUGCUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUAACAGCCUCGAU--| C A U GUCAUC GCAGGG AUUUCCUG GGAUUAAUGACUG CUGGG \ UGUCUC UAAAGGAC CCUAAUUAUUGAU GACCC A UUCGUUAUUACUAGUUCCG^ A C U UCCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-1641_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGAUUAAUGACUGUCUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-1641_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUUAGUUAUUAAUCCCCAGG -59
Get sequence
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