MirGeneDB ID | Ami-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1641 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cli-Mir-1641 Gga-Mir-1641 Tgu-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713592.1: 17046845-17046903 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAAUAACAACCUCAAUGCAGGGCAUUUCCUGGGGAUUAAUGACUGUCUGGGGUCAUCAUCUCCUCCCAGUUAGUUAUUAAUCCCCAGGAAAUACUUUAUACCUUGAUCAUUAUUGCUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUAAUAACAACCUCAAUGC--| C U GUCAUC AGGG AUUUCCUGGGGAUUAAUGACUG CUGGG \ UUUC UAAAGGACCCCUAAUUAUUGAU GACCC A UUCGUUAUUACUAGUUCCAUA^ A U UCCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-1641_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0038317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGGAUUAAUGACUGUCUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-1641_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUUAGUUAUUAAUCCCCAGG -59
Get sequence
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