MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1641 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-1641 Cli-Mir-1641 Gga-Mir-1641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Archosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
3: 90035665-90035723 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAUAACAACGUCGAUGCAGGGCAUUUCCUGAGGAUUAAUGACUGUCUGGGGUCAUCAUCUCCUCCCAGUUAGUUAUUAAUCUCCAGGAAAUACUCUGUGCCUUGAUCAUUAUUGCUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUAACAACGUCGAU--| C AG U GUCAUC GCAGGG AUUUCCUG GAUUAAUGACUG CUGGG \ UGUCUC UAAAGGAC CUAAUUAUUGAU GACCC A UUCGUUAUUACUAGUUCCG^ A CU U UCCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-1641_5p |
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mirBase accession | MIMAT0025400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGAUUAAUGACUGUCUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-1641_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUUAGUUAUUAAUCUCCAGG -59
Get sequence
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