MirGeneDB ID | Cja-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-488 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-488 Cfa-Mir-488 Dno-Mir-488 Eca-Mir-488 Ete-Mir-488 Hsa-Mir-488 Laf-Mir-488 Mml-Mir-488 Mmr-Mir-488 Mmu-Mir-488 Ocu-Mir-488 Pab-Mir-488 Rno-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021932.1: 19740595-19740653 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAGUGGAAAAUUUCAGAGAAUCAUCUCUCCCAGAUAAUGGCACUCUCAAACAAGUUUCCAAGUUGUUUGAAAGGCUAUUUCUUGGUCAGAUGACUCUCAAUUCCUUCUGGAAACCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAGAGUGGAAAAUUUCA--| A CU C U A C AAGUUU GAGA UCAUCU CC AGA AAUGGC CU UCAAAC \ CUCU AGUAGA GG UCU UUAUCG GA AGUUUG C CUCCAAAGGUCUUCCUUAA^ C CU U - - A UUGAAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-488_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCAGAUAAUGGCACUCUCAAAC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-488_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUGAAAGGCUAUUUCUUGGUC -59
Get sequence
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