| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mun-Mir-383 Spt-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr16: 38173722-38173784 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v1
chr16: 38173722-38173783 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v2 chr16: 38173722-38173784 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-383-v2 |
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| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACUUCAGAAUCUCCACGU C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-383-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-383 miRDB: MIMAT0006629 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-383-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -63
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-383-v1 |
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| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUCAGAAUCUCCACGU- C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-383-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-383 miRDB: MIMAT0006629 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-383-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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