| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-154-P8b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-329a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-154-P1 Cfa-Mir-154-P2-v1 Cfa-Mir-154-P3-v1 Cfa-Mir-154-P4 Cfa-Mir-154-P5 Cfa-Mir-154-P6a-v1 Cfa-Mir-154-P6b Cfa-Mir-154-P6c Cfa-Mir-154-P7 Cfa-Mir-154-P8a Cfa-Mir-154-P9 Cfa-Mir-154-P10 Cfa-Mir-154-P11 Cfa-Mir-154-P12 Cfa-Mir-154-P13 Cfa-Mir-154-P14 Cfa-Mir-154-P15 Cfa-Mir-154-P16 Cfa-Mir-154-P17 Cfa-Mir-154-P18 Cfa-Mir-154-P19 Cfa-Mir-154-P20 Cfa-Mir-154-P21 Cfa-Mir-154-P22 Cfa-Mir-154-P23 Cfa-Mir-154-P24 Cfa-Mir-154-P25 Cfa-Mir-154-P28 Cfa-Mir-154-P29 Cfa-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P31 Cfa-Mir-154-P32 Cfa-Mir-154-P33 Cfa-Mir-154-P34 Cfa-Mir-154-P35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P8b Cpo-Mir-154-P8-o1 Dno-Mir-154-P8b Eca-Mir-154-P8b Ete-Mir-154-P8b Hsa-Mir-154-P8b Laf-Mir-154-P8 Mml-Mir-154-P8b Mmr-Mir-154-P8b Mmu-Mir-154-P8-o1 Ocu-Mir-154-P8-o1 Pab-Mir-154-P8b Rno-Mir-154-P8-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr8: 69258856-69258913 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P8b) |
Mir-154-P1
chr8: 69253808-69253866 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 chr8: 69255094-69255151 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr8: 69255095-69255150 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 chr8: 69255553-69255607 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 chr8: 69255554-69255606 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 chr8: 69256764-69256820 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr8: 69257332-69257387 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 chr8: 69257494-69257549 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 chr8: 69257494-69257549 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 chr8: 69257795-69257852 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a chr8: 69258540-69258597 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b chr8: 69258856-69258913 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr8: 69261399-69261454 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr8: 69261834-69261893 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 chr8: 69263406-69263463 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr8: 69265169-69265226 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P13 chr8: 69266325-69266382 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P35 chr8: 69267179-69267234 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr8: 69269753-69269810 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr8: 69270115-69270172 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chr8: 69270499-69270556 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr8: 69270653-69270709 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr8: 69270881-69270938 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 chr8: 69271259-69271316 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr8: 69271824-69271885 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 chr8: 69273238-69273297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr8: 69274990-69275052 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr8: 69275495-69275554 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr8: 69276318-69276381 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 chr8: 69276881-69276939 [+] UCSC Ensembl Mir-544-P1 chr8: 69277674-69277730 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr8: 69278524-69278583 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr8: 69280668-69280721 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chr8: 69281090-69281147 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chr8: 69283122-69283179 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr8: 69283503-69283563 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr8: 69284239-69284297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b chr8: 69285042-69285098 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 chr8: 69289429-69289482 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 chr8: 69290943-69291002 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chr8: 69293782-69293835 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 chr8: 69294073-69294128 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 chr8: 69294377-69294432 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6c chr8: 69294885-69294940 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 chr8: 69295123-69295178 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGUCAGUGUUAAUCAGUGGUACCUGAAGAGAGGUUUUCUGGGUUUCUGUUUCUUUCAUGAGGAUGAAACACACCCAGUUAACCUCUUUUCCAGCAUUUGCCUCUCCUUGGAGGCCUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGGUCAGUGUUAAUCAGUGGUAC- -| UU UUC UUUCA CU GAAGAGAGGUU CUGGGU UGUUUC U GA CUUUUCUCCAA GACCCA ACAAAG G UUCCGGAGGUUCCUCUCCGUUUAC C^ UU C-- UAGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-154-P8b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGGUUUUCUGGGUUUCUGUUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-329a miRDB: MIMAT0006719 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-154-P8b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AACACACCCAGUUAACCUCUU -58
Get sequence
|
