| MirGeneDB ID | Cel-Mir-73-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-73 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-73-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-73-P2a Cbr-Mir-73-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 2369062-2369124 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-73-P2) |
Mir-73-P1
chrX: 2368787-2368848 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-73-P2 chrX: 2369062-2369124 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P14 chrX: 2372475-2372534 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUACAAAGCAAAAUGGUUCAAAAAACGUUCGGGCUUCCAUCUCUUUCCCAGCCUACAUCUCAACCUGGGCUGGCAAGAAAUGGCAGUCUACACGUUUUUCAACCAAAUGCUAUGGCCUUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUACAAAGCAAAAUGGUUCA--| UC U C UC CUACAUC AAAAACGU GGGCU CCAU UCUU CCAGC U UUUUUGCA UCUGA GGUA AGAA GGUCG C UUUUUCCGGUAUCGUAAACCAAC^ CA C A C- GGUCCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-73-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGCUUCCAUCUCUUUCCCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-73-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGCAAGAAAUGGCAGUCUACA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000046 TargetScanWorm: cel-miR-74 |
