| MirGeneDB ID | Cel-Mir-64-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-64 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-64-P2 Cel-Mir-64-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-64-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 2172869-2172936 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-64-P1) |
Mir-229
chrIII: 2172459-2172561 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-64-P1 chrIII: 2172869-2172936 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P2 chrIII: 2173019-2173080 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P3 chrIII: 2173124-2173188 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAACCUCCUCCCCGCUGACCUCGCCGAAUAUGACACUGAAGCGUUACCGAACCGUUUUCCCACACCUGGAUUCGGUGCAACGAUCAGUGGCAUGCUCGGCUAGCGCCAGUUAAGUAUUAUGAUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGAACCUCCUCCCCGCUGAC-- C A A AG --| CCGUUUUCC CU GCCGA UAUG CACUGA CGU UACCGAA \ GA CGGCU GUAC GUGACU GCA GUGGCUU C AUCUAGUAUUAUGAAUUGACCGC U C G A- AC^ AGGUCCACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-64-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGACACUGAAGCGUUACCGAA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000036 TargetScanWorm: cel-miR-64 |
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| Star sequence | Cel-Mir-64-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CGGUGCAACGAUCAGUGGCAUGCU -68
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015105 |
