| MirGeneDB ID | Cel-Mir-64-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-64 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-64-P1 Cel-Mir-64-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-64-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 2173019-2173080 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-64-P2) |
Mir-229
chrIII: 2172459-2172561 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-64-P1 chrIII: 2172869-2172936 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P2 chrIII: 2173019-2173080 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P3 chrIII: 2173124-2173188 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUCUUGGAGCCAUGGAGCCUUCGCCGAUUAUGACACUGAAGCGUAACCGAACACCAUAUUUUGAGAUUCUGCUACGCGCAGUGCCAUGCUCGGCGCGUUGGCUCCAUUAAAAAACGGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUCUUGGAGCCAUGGA UU--| U A AA ACC CACCAUA GCC CGCCGA UAUG CACUG GCGUA GAA \ CGG GCGGCU GUAC GUGAC CGCAU CUU U ACCGGCAAAAAAUUACCU UUGC^ C C G- CGU AGAGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-64-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGACACUGAAGCGUAACCGAA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000037 TargetScanWorm: cel-miR-65 |
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| Star sequence | Cel-Mir-64-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUGCUACGCGCAGUGCCAUGCU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015106 |
