| MirGeneDB ID | Cel-Mir-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-392 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 13597261-13597319 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-392-v1) |
Mir-392-v1
chrX: 13597261-13597319 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-392-v2 chrX: 13597261-13597319 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cel-Mir-392-v1 |
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| Seed | UCAUCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCAGUCAGCAUUCGUGGUUGAGGAUAUCGAACACAAAAAAAGAUAUCAUCGAUCACGUGUGAUGACAGAUUUUCUGCGACUAACAGGUUUGCUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCA--| G U G CGAACAC GUCA CAU CGUGGUUGA GAUAU \ CAGU GUG GCACUAGCU CUAUA A AUUCGUUUGGACAAUCAGCGUCUUUUAGA^ A U A GAAAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-392-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAUUCGUGGUUGAGGAUAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-392-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUCAUCGAUCACGUGUGAUGA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000768 TargetScanWorm: cel-miR-392 |
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| Variant | Cel-Mir-392-v2 |
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| Seed | AUCAUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCAGUCAGCAUUCGUGGUUGAGGAUAUCGAACACAAAAAAAGAUAUCAUCGAUCACGUGUGAUGACAGAUUUUCUGCGACUAACAGGUUUGCUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCA--| G U G GAACAC GUCA CAU CGUGGUUGA GAUAUC \ CAGU GUG GCACUAGCU CUAUAG A AUUCGUUUGGACAAUCAGCGUCUUUUAGA^ A U A AAAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-392-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAUUCGUGGUUGAGGAUAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-392-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCAUCGAUCACGUGUGAUGA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000768 TargetScanWorm: cel-miR-392 |
