| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-238 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cel-Mir-238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
III: 14445088-14445154 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-238) |
Bantam-P2
III: 14440888-14440953 [-]
Ensembl
Mir-238 III: 14445088-14445154 [-] Ensembl Mir-90-P1 III: 14455369-14455431 [+] Ensembl Mir-90-P2 III: 14456991-14457056 [-] Ensembl |
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| Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCUUCUUAUCCUCAUGAAUAUGACUGUUUGGGUGUCCUUGGAUGUAAAAAGCUAUAAAUCUGUUAAGAUUGCUUUGUACUCCGAUGCCAUCCACAUGGUCUGACGACAAGAAGAUAUGGAAAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCUUCUUAUCCUCAUGAAUAU--| U UCC U A UAUAAAUC GACUGU UGGGUG UUGGA GUA AAAGC U CUGGUA ACCUAC AGCCU CAU UUUCG G CAUAAAGGUAUAGAAGAACAGCAGU^ C CGU - G UUAGAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-238_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGUGUCCUUGGAUGUAAAAAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-238_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGUACUCCGAUGCCAUCCACA -67
Get sequence
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