| MirGeneDB ID | Bla-Mir-129-P8b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-129-P7 Bla-Mir-129-P8a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-129-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000055: 227738-227795 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P8b) |
Mir-129-P8b
Sc0000055: 227738-227795 [-]
Ensembl
Mir-129-P8a Sc0000055: 230950-231007 [-] Ensembl |
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| Seed | CCUUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUUGCUGGCUGUACCUACCAUGCUGAAUACCUUCUGUGGUUUGGGCGAUCGUGUGGUUGAGACGAAGCCCUUACCCCAAAAGGUGUCUGUCAUGGUACGCCUCACCUGCCGUCAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUUGCUGGCUGUACC--| C GA C U UU GA UGUGG UACCAUG U AUACCUU UG GGU GGGC UCG \ AUGGUAC G UGUGGAA AC CCA CCCG AGC U AGACUGCCGUCCACUCCGC^ U UC A C UU A- AGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-129-P8b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUCUGUGGUUUGGGCGAUCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-129-P8b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAGCCCUUACCCCAAAAGGUGU -58
Get sequence
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