MirGeneDB ID | Bfl-Mir-129-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-129b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-129-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-129-P8a Bla-Mir-129-P8b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049992.1: 13848286-13848343 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUCGCCGACUGUACCUACCAUGAUGGAUACCUUCUGUGGUUUGGGCGAUCGUGUGGUUGAGACGAAGCCCUUACCCCAAAAGGUGUCUGUCAUGGUAAGCUUCAACUGCCGUAAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACUUCGCCGACUGUACC--| C U UU GA UGUGG UACCAUGAUGGAUACCUU UG GGU GGGC UCG \ AUGGUACUGUCUGUGGAA AC CCA CCCG AGC U AGAAUGCCGUCAACUUCGA^ A C UU A- AGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-129-P8_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUUCUGUGGUUUGGGCGAUCG -23
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-129-P8_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAGCCCUUACCCCAAAAGGUGU -58
Get sequence
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