| MirGeneDB ID | Bla-Mir-12494-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12494 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-12494-P1 Bla-Mir-12494-P2a Bla-Mir-12494-P2b Bla-Mir-12494-P3 Bla-Mir-12494-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-12494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000025: 2401442-2401501 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12494-P4) |
Mir-12494-P1
Sc0000025: 2400435-2400490 [+]
Ensembl
Mir-12494-P2a Sc0000025: 2400930-2400989 [+] Ensembl Mir-12494-P3 Sc0000025: 2401083-2401144 [+] Ensembl Mir-12494-P4 Sc0000025: 2401442-2401501 [+] Ensembl Mir-12494-P2b Sc0000025: 2401852-2401911 [+] Ensembl Mir-12494-P5 Sc0000025: 2402035-2402096 [+] Ensembl |
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| Seed | GGCCUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUUAGACAGAAAUCUGGGUUACUACAUGAAUCCGUGGUGAUUACGGCCAUGUUGUUAAUCAGGUCUCAUGGCCUAAUUUCCUCGGAUUUCUGUUGAAACUUUUGUCAACAACAUUCUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUUAGACAGAAAUCUG--| ACU U U U C UUGUUAA GGUU ACA GAAUCCG GG GAUUA GGCCAUG \ UCAA UGU UUUAGGC CC UUAAU CCGGUAC U AAUCUUACAACAACUGUUU^ AGU C U U - UCUGGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-12494-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCCGUGGUGAUUACGGCCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-12494-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGCCUAAUUUCCUCGGAUUU -60
Get sequence
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