MirGeneDB ID | Bfl-Mir-33-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-33-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-33-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Bge-Mir-33 Bla-Mir-33-P7 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Isc-Mir-33 Lgi-Mir-33 Npo-Mir-33 Obi-Mir-33 Ovu-Mir-33 Pfl-Mir-33 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spu-Mir-33 Tca-Mir-33 Xbo-Mir-33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049985.1: 3903955-3904013 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-33-P7) |
Mir-33-P7
NC_049985.1: 3903955-3904013 [-]
UCSC
Mir-33-P6 NC_049985.1: 3904364-3904422 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGUGCACAUCGCCUUUUCUGUGGCUGAGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUGCACAAAGGAAGUGCAAUGUAACAGCAGUGCAGCUCAGACAUGGUUGCAAUGCAAGGACAAUGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUGCACAUCGCCUUUU--| G G A UGUGCAC CUGUG CUGAG UGCAUUGU GUUGCAUUGCA \ GGUAC GACUC ACGUGACG CAAUGUAACGU A ACGUAACAGGAACGUAACGUU^ A G A GAAGGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-33-P7_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Co-mature sequence | Bfl-Mir-33-P7_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAUGUAACAGCAGUGCAGCU -59
Get sequence
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