| MirGeneDB ID | Ava-Novel-6-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Novel-6-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075492.1: 12548112-12548173 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-6-P2) |
Novel-6-P2
CP075492.1: 12548112-12548173 [-]
Ensembl
Mir-12598-P1b CP075492.1: 12548233-12548292 [-] Ensembl Mir-12598-P7a CP075492.1: 12548345-12548405 [-] Ensembl Mir-12598-P5b CP075492.1: 12548457-12548519 [-] Ensembl Novel-2-P2 CP075492.1: 12548571-12548628 [-] Ensembl |
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| Seed | CACUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUCUCUGUUGAUAAUUCGAAAGUUUACUUCACUGUAUUUCCUACCUCGCUAUAGAGAUUGAAUCAGCGAGUGUAGGUAAUAGCAGUGGCUUGAAUUGUUUCGAAAGUACAUGCAUUAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUCUCUGUUGAUAAUU -- CU - U -| AUAGAG CGAAA GUUUA UCACUG UAUU CCUAC CUCGCU A GCUUU UAAGU GGUGAC AUAA GGAUG GAGCGA U UUUAUUACGUACAUGAAA GU UC G U U^ CUAAGU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Novel-6-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCACUGUAUUUCCUACCUCGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Novel-6-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGAGUGUAGGUAAUAGCAGUGGCU -62
Get sequence
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