| MirGeneDB ID | Ava-Novel-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | AVA-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Novel-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075492.1: 12548571-12548628 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P2) |
Novel-6-P2
CP075492.1: 12548112-12548173 [-]
Ensembl
Mir-12598-P1b CP075492.1: 12548233-12548292 [-] Ensembl Mir-12598-P7a CP075492.1: 12548345-12548405 [-] Ensembl Mir-12598-P5b CP075492.1: 12548457-12548519 [-] Ensembl Novel-2-P2 CP075492.1: 12548571-12548628 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACCGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCAGAAAAAAAACCUUUUCUAACGUGAUCACCGGUAAUCAGGAACGCUUCGAUAUGCAAUACGGCGUGUCUGUUGGCCGGUGAAAACUGUGUGAAAAUCGUUUGUCAUCGGUUAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGCAGAAAAAAAACC- UA -| GA AAU GA UCGAUA UUUUC AC GU UCACCGGU CAG ACGCU U AAAAG UG CA AGUGGCCG GUC UGCGG G GAUUGGCUACUGUUUGCU UG U^ AA GUU UG CAUAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ava-Novel-2-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCACCGGUAAUCAGGAACGCU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ava-Novel-2-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CGUGUCUGUUGGCCGGUGAAA -58
Get sequence
|
