MirGeneDB ID | Aqu-Mir-2014-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2014 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Amphimedon (Amphimedon queenslandica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aqu-Mir-2014-P1 Aqu-Mir-2014-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Emu-Mir-2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. queenslandica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Demospongiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000090795.1_v1.0_SPONGE) |
NW_003546250.1: 89373-89486 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2014-P3) |
Mir-2014-P3
NW_003546250.1: 89373-89486 [-]
Ensembl
Mir-2014-P2 NW_003546250.1: 90534-90645 [-] Ensembl |
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Seed | AGAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGGUAGCCUAUAGAGUGUCCAUGGGUUGUAGAUUGGGCUUGGUCGGCAGAUGAGCUAUUACAUACCAUACUGAUACUAUACUGGCCUACAGUGUACAGUAUCAGUCAGUGGUGAAUCAUCUGCUGGUUGAGUCCAGUCUACAAACCAGUCACUCUACACUCAAGGUCUUCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 CCUGGUAGCCUAUAGAGU--| CCA G GG UGAGCUAUUACAUACCAUACUGAUACUAUACUG GU UGG UUGUAGAUUGGGCUU UCGGCAGA G CA ACC AACAUCUGACCUGAG GGUCGUCU C CUCUUCUGGAACUCACAUCU^ CUG A UU ACUAAGUGGUGACUGACUAUGACAUGUGACAUC 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aqu-Mir-2014-P3_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGAUUGGGCUUGGUCGGCAGA -22
Get sequence
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Star sequence | Aqu-Mir-2014-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
92- UGCUGGUUGAGUCCAGUCUACA -114
Get sequence
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