| MirGeneDB ID | Ami-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-142-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-142-P2-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017710586.1: 18395-18457 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v4) |
Mir-142-P4-v4
NW_017710586.1: 18395-18457 [-]
UCSC
Mir-142-P4-v1 NW_017710586.1: 18397-18455 [-] UCSC Mir-142-P4-v2 NW_017710586.1: 18397-18455 [-] UCSC Mir-142-P4-v3 NW_017710586.1: 18397-18455 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-142-P4-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCGACGGCAACGGUGACAGUCUCCCCCCCCCAUAAAGUAGCGAGCACGACUCCGCCCCCGCGCCCGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAGGGGGUGGCUGGGAGCAACGGAGACGCGGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCGACGGCAACGGUGA---| U CC C G UCCGCCCC CAGUC CCCCC CCAUAAAGUAG GAGCAC AC \ GUCGG GGGGG GGUAUUUCAUC UUUGUG UG C CGGGGCGCAGAGGCAACGAGG^ U A- C A UGCCCGCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Mature sequence | Ami-Mir-142-P4-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGCGAGCACGAC -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Ami-Mir-142-P4-v4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAGG -63
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGGCAACGGUGACAGUCUCCCCCCCCCAUAAAGUAGCGAGCACGACUCCGCCCCCGCGCCCGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAGGGGGUGGCUGGGAGCAACGGAGACGCGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGACGGCAACGGUGAC---| U CC C G UCCGCCCC AGUC CCCCC CCAUAAAGUAG GAGCAC AC \ UCGG GGGGG GGUAUUUCAUC UUUGUG UG C GGGCGCAGAGGCAACGAGGG^ U A- C A UGCCCGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGCGAGCACGACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Ami-Mir-142-P4-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
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| Variant | Ami-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGGCAACGGUGACAGUCUCCCCCCCCCAUAAAGUAGCGAGCACGACUCCGCCCCCGCGCCCGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAGGGGGUGGCUGGGAGCAACGGAGACGCGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGACGGCAACGGUGAC---| U CC C G UCCGCCCC AGUC CCCCC CCAUAAAGUAG GAGCAC AC \ UCGG GGGGG GGUAUUUCAUC UUUGUG UG C GGGCGCAGAGGCAACGAGGG^ U A- C A UGCCCGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-142-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGCGAGCACGACUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-142-P4-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
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| Variant | Ami-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGGCAACGGUGACAGUCUCCCCCCCCCAUAAAGUAGCGAGCACGACUCCGCCCCCGCGCCCGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAGGGGGUGGCUGGGAGCAACGGAGACGCGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGACGGCAACGGUGAC---| U CC C G UCCGCCCC AGUC CCCCC CCAUAAAGUAG GAGCAC AC \ UCGG GGGGG GGUAUUUCAUC UUUGUG UG C GGGCGCAGAGGCAACGAGGG^ U A- C A UGCCCGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGCGAGCACGACUCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-142-P4-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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