MirGeneDB ID | Mmu-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-449a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-34-P1 Mmu-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P2b Mmu-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3c Ami-Mir-34-P3c Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3c Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3c Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3c Cmi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3c Cpo-Mir-34-P3c Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3c Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3c Gmo-Mir-34-P3c Hsa-Mir-34-P3c Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3c Mal-Mir-34-P3c Mdo-Mir-34-P3c Mml-Mir-34-P3c Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3c Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3c Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3c Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3c Sha-Mir-34-P3c Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3c Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3c Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3c Tni-Mir-34-P3c Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr13: 113037549-113037610 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3c) |
Mir-34-P3a
chr13: 113036008-113036070 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b chr13: 113037429-113037487 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c chr13: 113037549-113037610 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGCGCUGUCUUGCCUGUGUGUGAUGGCUUGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGUUGAGUAUGUGAGCGGCACCAGCUAACAUGCGACUGCUCUCCUAUUGCACACACAAUCACCACCAGCAUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGCGCUGUCUUGCCU-- UG CUU -| U UGAGUAU GUGUG AUGG GGCAGU GUAU GUUAGCUGGU G CACAC UAUC UCGUCA CGUA CAAUCGACCA U CGUACGACCACCACUAACA GU CUC G^ - CGGCGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-34-P3c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0001542 TargetScanVert: mmu-miR-449a-5p miRDB: MIMAT0001542 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-34-P3c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAGCUAACAUGCGACUGCUCUC -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-449a-3p miRDB: MIMAT0017180 |