MirGeneDB ID | Mmu-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-34a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P2b Mmu-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P1 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P1 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P1 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P1 Cmi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P1 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P1 Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P1 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P1 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P1 Gmo-Mir-34-P1 Hsa-Mir-34-P1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P1 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P1 Mal-Mir-34-P1 Mdo-Mir-34-P1 Mml-Mir-34-P1 Mun-Mir-34-P1 Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P1 Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P1 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P1 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P1 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P1 Sha-Mir-34-P1 Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P1 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P1 Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P1 Tni-Mir-34-P1 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P1a Xla-Mir-34-P1b Xtr-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr4: 150068473-150068538 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGGGCUGGCCAGCUGUGAGUAAUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGUAUUAGCUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACAUUGUUGGGCCGAGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGGGCUGGCCAGCU- - A UU -| A GUGAGUAU GUG AGUA UUCU GGCAGUGU CUU GCUGGUUGUU U CAC UCGU AAGA CCGUCAUA GAA CGACUAACGA A GGAAGAGCCGGGUUGUUA G G UC U^ - AGGAAUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-34-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000542 TargetScanVert: mmu-miR-34a-5p miRDB: MIMAT0000542 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-34-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUA -66
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-34a-3p miRDB: MIMAT0017022 |