| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-449a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P2a Cpo-Mir-34-P2b Cpo-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3c Ami-Mir-34-P3c Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3c Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3c Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3c Cmi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3c Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3c Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3c Gmo-Mir-34-P3c Hsa-Mir-34-P3c Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3c Mal-Mir-34-P3c Mdo-Mir-34-P3c Mml-Mir-34-P3c Mmu-Mir-34-P3c Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3c Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3c Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3c Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3c Sha-Mir-34-P3c Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3c Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3c Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3c Tni-Mir-34-P3c Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 6900585-6900645 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3c) |
Mir-34-P3a
scaffold_29: 6899940-6900004 [+]
UCSC
Mir-34-P3c scaffold_29: 6900585-6900645 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUGCUUCUGGAUACCUGUGUGUGAUGGGCUGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGUUGAAUAUAUAUUAUUAGCAGCUAACAUACAACUGCUAUCUUAUUGCAUAUACAACGAACAUCAGAAUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAUGCUUCUGGAUACCU-- UG C -| U GUUGAAUAU GUGUG AUGGG UGGCAG UGUAU GUUAGCUG \ UAUAC UAUUC AUCGUC ACAUA CAAUCGAC A UGUAAGACUACAAGCAACA GU U A^ - GAUUAUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-34-P3c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047257 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-34-P3c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGCUAACAUACAACUGCUAUC -61
Get sequence
|
