MirGeneDB ID | Aca-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-181-P1a Aca-Mir-181-P1b Aca-Mir-181-P1c Aca-Mir-181-P2a Aca-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343937.1: 20226-20285 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P2b
GL343937.1: 20226-20285 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1b GL343937.1: 21130-21190 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAAAGCACUCAGAUAACGGCUGCAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUUAGGUUCAGUCAGCUCUCUGACCAAUGAAUGCAAACUGCAGACCAGAUAACGACAAAGACGUAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCACAAAGCACUCAGAUAAC- -| AUCAA CU U UUAGG GG CUGCA CAUUCAUUG GUCGG GGGUU U CC GACGU GUAAGUAAC CAGUC CUCGA U AGAUGCAGAAACAGCAAUAGA A^ CAAAC -- U CUGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-181-P2b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-181-P2b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCUCUGACCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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