MirGeneDB ID | Xtr-Mir-12485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12485 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Xla-Mir-12485-P1 Xla-Mir-12485-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr7: 23094426-23094488 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUCGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUACCUAAUCGAUCAGCCAGCAGGCCGAUUGAUCGGAUCUUGUACAAUUUGACCACACAGGUGGAUGUCCAAAUUGUACCGAUCCCAUCUUUUGGCCUGUGGACCAGACAAUCGGAUUGCUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUACCUAAUCGAUCAG---| G UU C UU ACCACACA CCA CAGGCCGA GAU GGAUC GUACAAUUUG G GGU GUCCGGUU CUA CCUAG CAUGUUAAAC G AUCGUUAGGCUAACAGACCA^ - UU C C- CUGUAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-12485_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUCGGAUCUUGUACAAUUUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Xtr-Mir-12485_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAAUUGUACCGAUCCCAUCUUU -63
Get sequence
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