MirGeneDB ID | Xla-Mir-12485-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12485 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-12485-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Xtr-Mir-12485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030737.1: 20825694-20825756 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUCGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUACCUAAUCGAUAAGCCAGCAGGCCGAUUGAUCGGAUCUUGUACAAUUUGACCACGCAGGUGGAUGUCCAAAUUGUACUGAUCCCAUCUCUUGGCCUGUGGACCAGACAAUCGGAUUGCUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUACCUAAUCGAUAAG---| G UU C UU ACCACGCA CCA CAGGCCGA GAU GGAUC GUACAAUUUG G GGU GUCCGGUU CUA CCUAG CAUGUUAAAC G AUCGUUAGGCUAACAGACCA^ - CU C U- CUGUAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-12485-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUCGGAUCUUGUACAAUUUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-12485-P2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAAUUGUACUGAUCCCAUCUCU -63
Get sequence
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