| MirGeneDB ID | Xla-Mir-12484-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12484 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-12484-P1-v1 Xla-Mir-12484-P2-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Xtr-Mir-12484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Xenopus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030734.1: 50543270-50543325 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12484-P2-v2) |
Mir-12484-P2-v1
NC_030734.1: 50543269-50543326 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12484-P2-v2 NC_030734.1: 50543270-50543325 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-12484-P2-v2 |
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| Seed | GGGAUCU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACUGGAUCGCCGUUUCUCUGUCUCACACAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAAUGAAAGGCAUGUUCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUGUGAUGCAGGGGAUUUCUACAUGAUGAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGACUGGAUCGCCGUUU--| C A CU UG CAAUGAA CUCUGU UCACAC GGGAU CG AUGCCGG A GGGACG AGUGUG CCCUA GC UACGGCC G CUAAGUAGUACAUCUUUAG^ U A AC GU UUGUACG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12484-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-12484-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGU -56
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-12484-P2-v1 |
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| Seed | AGGGAUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGACUGGAUCGCCGUUUCUCUGUCUCACACAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAAUGAAAGGCAUGUUCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUGUGAUGCAGGGGAUUUCUACAUGAUGAAUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGACUGGAUCGCCGUU--| C A CU UG CAAUGAA UCUCUGU UCACAC GGGAU CG AUGCCGG A GGGGACG AGUGUG CCCUA GC UACGGCC G CCUAAGUAGUACAUCUUUA^ U A AC GU UUGUACG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12484-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-12484-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUG -58
Get sequence
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