| MirGeneDB ID | Xla-Mir-12484-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12484 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-12484-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Xtr-Mir-12484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 44060848-44060905 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12484-P1-v1) |
Mir-12484-P1-v1
NC_030735.1: 44060848-44060905 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12484-P1-v2 NC_030735.1: 44060849-44060904 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-12484-P1-v1 |
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| Seed | AGGGAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGACUGGAUCGCCGUUUCUCUGUCUCACACAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAAUGAAAGGCAUGUUCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUGUGAUGCAGGGGAUUUCUACAUGAUGAAUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGACUGGAUCGCCGUU--| C A CU UG CAAUGAA UCUCUGU UCACAC GGGAU CG AUGCCGG A GGGGACG AGUGUG CCCUA GC UACGGCC G CCUAAGUAGUACAUCUUUA^ U A AC GU UUGUACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12484-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-12484-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUG -58
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-12484-P1-v2 |
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| Seed | GGGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACUGGAUCGCCGUUUCUCUGUCUCACACAGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAAUGAAAGGCAUGUUCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGUGUGAUGCAGGGGAUUUCUACAUGAUGAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGACUGGAUCGCCGUUU--| C A CU UG CAAUGAA CUCUGU UCACAC GGGAU CG AUGCCGG A GGGACG AGUGUG CCCUA GC UACGGCC G CUAAGUAGUACAUCUUUAG^ U A AC GU UUGUACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12484-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAUCUCGUGAUGCCGGCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-12484-P1-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCCGGCAUUGCGCAAUCCCAGU -56
Get sequence
|
