| MirGeneDB ID | Tni-Mir-722-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-722-P1-v1 Tni-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-722-P2-v1 Gmo-Mir-722-P2-v1 Lch-Mir-722 Mal-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 14853546-14853610 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-P2-v2) |
Mir-722-P2-v1
Un_random: 14853546-14853610 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-722-P2-v2 Un_random: 14853546-14853610 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-722-P2-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGAACGAGCACCGGAGCACAACGGAGUUUGAAACGUUUUGGCCAAAAAUGUUUCCACGGUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCAUCGUGUUUUCCUGCUUCGCGGCAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUUGAACGAGCACCG--| AAC G C AUGUUUCCAC GAGCAC GGAGUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ UUUGUG CUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU G AGAGACGGCGCUUCGUCCU^ CUA A U UGUGGAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-722-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUGGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-722-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-722-P2-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGAACGAGCACCGGAGCACAACGGAGUUUGAAACGUUUUGGCCAAAAAUGUUUCCACGGUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCAUCGUGUUUUCCUGCUUCGCGGCAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUUGAACGAGCACCG--| AAC G C UGUUUCCAC GAGCAC GGAGUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ UUUGUG CUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU G AGAGACGGCGCUUCGUCCU^ CUA A U GUGGAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-722-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUGGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-722-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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