MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1559 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-1559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cli-Mir-1559 Gga-Mir-1559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
7: 26224204-26224263 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUGUGGGAUGCUGAGGUCUAGACUCCUUUCGAUGCUUGUAUGCUACUCCCAGGAAUGCCAACAGGAGUUCCAUGGAUGCAUCGAGCAGAGACUAUACCACUGACACCACAGCACGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUGUGGGAUGCUGA--| C A CU UUG CU CAGGAA GGU UAG CUC UUCGAUGC UAUG ACUCC U CCA AUC GAG GAGCUACG GUAC UGAGG G AGGCACGACACCACAGUCA^ U A AC UAG CU ACAACC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-1559_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCGAUGCUUGUAUGCUACUCC -22
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-1559_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0014526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AGUUCCAUGGAUGCAUCGAGCA -60
Get sequence
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