MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1552 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cli-Mir-1552 Gga-Mir-1552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
Tgu-Mir-1552_pre_1:30042988-30043131: 44-101 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
NNNNNNNNNNNGCUCGGCUACAUGGGGAAGUUACUGCGCAGCAAACUAGGGUGUGAAUUUACAGCACGCUAGCUGCUCUGCACUAACUCCCCCUGUGGAUGCUGAGUGUGCACUAAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 NNNNNNNNNNNGCUCGG---| U A C C AA G UGAAU CUACA GGGGA GUUA UGCG AGCA CUAG GUG \ GGUGU CCCCU CAAU ACGU UCGU GAUC CAC U AGAAUCACGUGUGAGUCGUA^ C - C C C- G GACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-1552_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACUGCGCAGCAAACUAGGGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-1552_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CGCUAGCUGCUCUGCACUAACU -58
Get sequence
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