| MirGeneDB ID | Tca-Mir-92-o58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-92a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-92-o59 Tca-Mir-92-o60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG8: 3039003-3039061 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o58) |
Mir-92-o58
LG8: 3039003-3039061 [+]
Ensembl
Mir-92-o59 LG8: 3039554-3039615 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUUUGAGGUUAAAGUUCGCGCUUUCAGUAGUCCGUGAUGCGUGACAAUAUUUAGUUUUUUUCGAAUAUUGCACUAGUCCCGGCCUAUUGAGGGCGCGAGCAUCGCCGUCACGUGUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUUUGAGGUUAAAGU--| U U GC A UAGUU UCGCGCUUUCAGUAG CCG GAU GUG CAAUAUU U AGCGCGGGAGUUAUC GGC CUG CAC GUUAUAA U UGUGUGCACUGCCGCUACG^ C C AU - GCUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-92-o58_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCCGUGAUGCGUGACAAUAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-92-o58_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUGCACUAGUCCCGGCCUAU -59
Get sequence
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