| MirGeneDB ID | Sro-Mir-190-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roscoff worm (Symsagittifera roscoffensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sro-Mir-190-P29 Sro-Mir-190-P30 Sro-Mir-190-P31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-190 Aga-Mir-190 Agr-Mir-190 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bko-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dlo-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dpu-Mir-190 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Eba-Mir-190 Egr-Mir-190 Esc-Mir-190 Gpa-Mir-190 Gsa-Mir-190 Hme-Mir-190 Hmi-Mir-190 Hru-Mir-190 Isc-Mir-190 Mgi-Mir-190 Mom-Mir-190 Npo-Mir-190 Obi-Mir-190 Ofu-Mir-190 Ovu-Mir-190 Pau-Mir-190 Pca-Mir-190 Pdu-Mir-190 Pfl-Mir-190 Pmi-Mir-190 Pve-Mir-190 Rph-Mir-190 Sko-Mir-190 Sma-Mir-190 Snu-Mir-190 Tca-Mir-190 Tur-Mir-190 War-Mir-190 Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. roscoffensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025153585.1_SymRos_1_5_genomic) |
JANVAR010000665.1: 1779729-1779799 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-190-P28) |
Mir-190-P28
JANVAR010000665.1: 1779729-1779799 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-190-P29 JANVAR010000665.1: 1781201-1781270 [+] UCSC Ensembl Mir-190-P30 JANVAR010000665.1: 1781371-1781438 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUACUGCAAGCGAAGCACCUGAUUGCGAGAGAUAUGUACUUAUAGGGGUUAUAUUUGGAAUAAUAGAAUAAUCAAAUAUCCCCUCUUUGUGCAUAUUCCUCUAAUCGGCGCAUGAAAUGCAACAAACCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUACUGCAAGCGAAGCAC---| C AG UUAU UUAUAUUUGGAAUAA CUGAUUG GAG AUAUGUAC AGGGG \ GGCUAAU CUC UAUACGUG UCCCC U UCCCAAACAACGUAAAGUACGC^ - CU UUUC UAUAAACUAAUAAGA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sro-Mir-190-P28_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUAUGUACUUAUAGGGGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Sro-Mir-190-P28_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
49- UCCCCUCUUUGUGCAUAUUCCU -71
Get sequence
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