| MirGeneDB ID | Snu-Mir-1998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1998 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1998-v1 Dgr-Mir-1998 Efe-Mir-1998-P1 Efe-Mir-1998-P2 Pdu-Mir-1998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049312.1: 23149739-23149794 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1998) |
Mir-1998
CM049312.1: 23149739-23149794 [+]
Mir-2000 CM049312.1: 23150774-23150830 [+] |
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| Seed | UUGAACG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAGAAGUAAAAUAUCCCAGUUCUGCUCAUGUGUAUCCCUGCAUUCAUAUAUAACUAUCAAAAGUUGAACGCAGAGAUGUACAUCAGCAUGACUGGGCUGAACAACGCCGAAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAAGAAGUAAAAUAUC--| C C C A UAUAUAAC CCAGUU UGCU AUGUGUAUC CUGC UUCA U GGUCAG ACGA UACAUGUAG GACG AAGU A GGUAAGCCGCAACAAGUCG^ U C A C UGAAAACU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-1998_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUAUCCCUGCAUUCAUAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-1998_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GUUGAACGCAGAGAUGUACAUC -56
Get sequence
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