| MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-2-o122a Sme-Mir-2-o122b Sme-Mir-2-o124 Sme-Mir-2-o125 Sme-Mir-2-o126 Sme-Mir-2-o127 Sme-Mir-2-o128 Sme-Mir-2-o129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191304-1191374 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o123) |
Mir-71-o2
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191188-1191254 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o123 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191304-1191374 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o124 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191422-1191481 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o125 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191539-1191598 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAUCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUCACUAGUGACAUUUUGCCUCUUACGGACAUCAUUAUUUGACUGUCGAUAGAUAUUGGUAACAUUAUUUUGGUAGUAUCACAGCCAAAUUUGAUGUCCUAAAUAAGGUAGUCACCUUCAUUGAUUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUCACUAGUGACAUU- C--| C UU A C GAUAUUGGUAAC UUGCCU UUA GGACAUCA AUUUG CUGU GAUA \ GAUGGA AAU CCUGUAGU UAAAC GACA CUAU A AUAUUAGUUACUUCCACU AUA^ - U- C - GAUGGUUUUAUU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sme-Mir-2-o123_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUCAUUAUUUGACUGUCGAUA -23
Get sequence
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| Star sequence | Sme-Mir-2-o123_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- UCACAGCCAAAUUUGAUGUCC -71
Get sequence
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