| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4830-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4830 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4830d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4830-P1 Sko-Mir-4830-P2 Sko-Mir-4830-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. kowalevskii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003142845.1: 32678-32738 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4830-P4) |
Mir-4830-P4
NW_003142845.1: 32678-32738 [-]
Mir-71 NW_003142845.1: 55183-55242 [-] |
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| Seed | CUCUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGCCGGCAGUGGUUUGUGUCUUGCUGGGGUCUCUUGAGAGCCAUAUGGAGGAAUUGAAUAGUAUUGUCCUCCAUAGGUCCUCCAGAGUCCUCAGUAGAUAAAACCUAUCGUCUUGUUUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGCCGGCAGUGGUUUG---| U U U AG A AAUUGAA UGUCU GCUGGGG CUCU GAG CC UAUGGAGG U AUAGA UGACUCC GAGA CUC GG AUACCUCC A CCUUUGUUCUGCUAUCCAAA^ - U C CU - UGUUAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-4830-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUUGAGAGCCAUAUGGAGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-4830-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCCAUAGGUCCUCCAGAGUCC -61
Get sequence
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