| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4830-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4830 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4830c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4830-P2 Sko-Mir-4830-P3 Sko-Mir-4830-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. kowalevskii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003129909.1: 5451-5514 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4830-P1) |
Mir-4830-P3
NW_003129909.1: 4632-4691 [-]
Mir-4830-P2 NW_003129909.1: 5103-5163 [-] Mir-4830-P1 NW_003129909.1: 5451-5514 [-] |
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| Seed | CUCUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUAGUAUUCACCAGUGAACAUGACAGGAUCUCUUGAGAGCCAUAUGGAAGGAAUUGAUGUUCAAAAUGGCCUUCUUGUGGCCUCAAGAUGUCUUGUUUUGUUUCCAUUUACUGACUGACCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUUAGUAUUCACCAGU--| U C A U AAUUGAUG GAACA GACAGGAU UCUUGAG GCCAUA GGAAGG U UUUGU UUGUUCUG AGAACUC CGGUGU UCUUCC U UUCCAGUCAGUCAUUUACC^ U U - - GGUAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-4830-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUUGAGAGCCAUAUGGAAGGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-4830-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUUCUUGUGGCCUCAAGAUGUC -64
Get sequence
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