| MirGeneDB ID | Sko-Mir-2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2011 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-2011 Pmi-Mir-2011 Spu-Mir-2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003116456.1: 416867-416928 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAAGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCUAGGAGCAGAUGUGUUUAUUUCAAUGCGGUCACUGUCACACCUUAAGGUGUCAAAAUUAAAUUACACCAAGGUGUGUUAGUGAUGACAUUGCAAUAGAACUAAUCAACAAUCAUACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGCUAGGAGCAGAUGUG--| U CG U AA UCAAAA UUUAUU CAAUG GUCACUG CACACCUU GGUG U AGAUAA GUUAC UAGUGAU GUGUGGAA CCAC U GUCAUACUAACAACUAAUCA^ C AG U -- AUUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-2011_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUCACUGUCACACCUUAAGGUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-2011_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCAAGGUGUGUUAGUGAUGACA -62
Get sequence
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