MirGeneDB ID | Pfl-Mir-2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2011 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pmi-Mir-2011 Sko-Mir-2011 Spu-Mir-2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD346233.1: 326914-326976 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCUUCUCUCAAUUGUGUCUAUUUCAGUGGGGUCACUGUCACACCUUAAGGUGCAAAAUUAUCCUGAACACCAAGGUGUGUUAGUGAUGACACUGCAGUAGAAACAGUCAACAUACUGCUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCUUCUCUCAAUUGUG--| U GG U AA CAAAAUU UCUAUU CAGUG GUCACUG CACACCUU GGUG \ AGAUGA GUCAC UAGUGAU GUGUGGAA CCAC A CCUCGUCAUACAACUGACAA^ C AG U -- AAGUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pfl-Mir-2011_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUCACUGUCACACCUUAAGGUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Pfl-Mir-2011_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CCAAGGUGUGUUAGUGAUGACA -63
Get sequence
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