| MirGeneDB ID | Sko-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2008 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-2008-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-2008 Pmi-Mir-2008 Spu-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003125393.1: 116442-116500 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2008-v2) |
Mir-2008-v1
NW_003125393.1: 116441-116501 [-]
Mir-2008-v2 NW_003125393.1: 116442-116500 [-] |
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| Variant | Sko-Mir-2008-v2 |
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| Seed | UCAGCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGUGUUCUGCUUCUUCAUCUUUUACUCCGUAUUAACACUGAGGUUGAUGUUCGCAGUAACUAACCAUCAGCCUCGCUGUCAAUACGGCGUAACUGAUGGUAGUCAUCACGCAGACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACGUGUUCUGCUUCUU--| UU U A C UUCGCAG CAUC UUAC CCGUAUU ACA UGAGGUUGAUG \ GUAG AAUG GGCAUAA UGU GCUCCGACUAC U ACCAGACGCACUACUGAUG^ UC C C C CAAUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-2008-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUUAACACUGAGGUUGAUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-2008-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCAGCCUCGCUGUCAAUACGG -59
Get sequence
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| Variant | Sko-Mir-2008-v1 |
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| Seed | CAGCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCACGUGUUCUGCUUCUUCAUCUUUUACUCCGUAUUAACACUGAGGUUGAUGUUCGCAGUAACUAACCAUCAGCCUCGCUGUCAAUACGGCGUAACUGAUGGUAGUCAUCACGCAGACCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCACGUGUUCUGCUUCU--| UU U A C UUCGCAG UCAUC UUAC CCGUAUU ACA UGAGGUUGAUG \ GGUAG AAUG GGCAUAA UGU GCUCCGACUAC U UACCAGACGCACUACUGAU^ UC C C C CAAUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-2008-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUAUUAACACUGAGGUUGAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-2008-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGCCUCGCUGUCAAUACGGC -61
Get sequence
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