MirGeneDB ID | Pfl-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2008 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pmi-Mir-2008 Sko-Mir-2008-v1 Spu-Mir-2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD526296.1: 136777-136837 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUGUACGUUGUAGCUUCAUUUUUUACCCCGUAUUAACACUGAGGUUGAUGUUCGAUUUGUGAUACCAUCAGCCUCGCUGUCAAUACGGCGUAAGGGAUGGUAUUCGUCACGCCUCCUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUAUGUACGUUGUAGCU--| C A C UUCGAUU UCAUUUUUUAC CCGUAUU ACA UGAGGUUGAUG \ GGUAGGGAAUG GGCAUAA UGU GCUCCGACUAC U UGUCCUCCGCACUGCUUAU^ C C C CAUAGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pfl-Mir-2008_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUAUUAACACUGAGGUUGAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Pfl-Mir-2008_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCAGCCUCGCUGUCAAUACGGC -61
Get sequence
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