| MirGeneDB ID | Sko-Mir-193-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-193b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-193-P1c Sko-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pfl-Mir-193-P1d Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003119955.1: 7997-8058 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P1d) |
Mir-193-P1c
NW_003119955.1: 7658-7714 [+]
Mir-193-P1d NW_003119955.1: 7997-8058 [+] Mir-193-P2 NW_003119955.1: 8988-9044 [+] |
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| Seed | ACUGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAAUGUAGAAAAGCUGUUCAUAUGUUUUGGGGGUUUCUCUGGCCACAGUAUGAAACGUACAAUCCUCAUACUGGCCAGCGAAAUCCCAAAAACAGAAGAACAUUAUCAUCGAUUAAGUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAAAUGUAGAAAAGCU--| AUA G U CA AAACGU GUUC UGUUUU GGGGUUUC CUGGCCA GUAUG A CAAG ACAAAA CCCUAAAG GACCGGU CAUAC C CUUGAAUUAGCUACUAUUA^ AAG A C -- UCCUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-193-P1d_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGGUUUCUCUGGCCACAGUAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-193-P1d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACUGGCCAGCGAAAUCCCAAA -62
Get sequence
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